1879 wird Schloss Gersdorf errichtet, doch seine Vorgeschichte reicht deutlich weiter zurück: Die Familie von Gersdorff besaß das hiesige Gut bis 1585, als sie es an Günther von Hermsdorf verkaufte. Weitere Eigentümer waren die Familien von Warnsdorf und von Salza. Knapp 100 Jahre nach dem Verkauf, im Jahr 1684, kaufte die Familie von Gersdorff das Rittergut Gersdorf zurück, um es schon fünf Jahre später an die Familie von Nostitz zu verkaufen, wo es bis 1810 in direktem Familienbesitz blieb. 1877 kam das Gut an die Familie Krug von Nidda, die das heutige Schloss erbauen ließ, dessen Vorläufer ein bereits von Wassergräben umschlossener Schlossbau war.
1931 musste das Rittergut versteigert werden, blieb aber in Familienbesitz. Der Wirtschaftshof wurde im 19. und 20. Jahrhundert mehrfach umgebaut.
1945 wurde die Familie Krug von Nidda nach Kriegsende enteignet und nach Prora auf Rügen deportiert, während das Schloss Flüchtlingen als Unterkunft diente und außerdem als Schule und Kindergarten genutzt wurde. Wohl dadurch konnte die 1947 vorgesehene Sprengung verhindert werden.
Nach 1989 verließen die Wohnungsmieter nach und nach das Schloss, 1996 gelangten Teile des Rittergutes wieder in den Besitz die Familie Krug von Nidda. Das Schloss selbst und der zugehörige Park befinden sich im Eigentum der Gemeinde Markersdorf, die 2007 und 2008 die Außenhülle sanieren bzw. rekontruieren ließ.
2019 wurde ein Erbpachtvertrag mit der SCHKOLA, einem freien Schulträger, abgeschlossen, der hier mit dem schrittweisen Innenausbau nach und nach eine Grundschule, eine Oberschule und ein Gymnasium (Fachabitur) etablieren will.
